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用于 DNA 甲基化分析、可视化和质量控制的 BiQ Analyzer 软件

BiQ Analyzer 是一种软件工具,可轻松实现 DNA 甲基化数据的可视化和质量控制。BiQ Analyzer 在全球拥有超过一千名用户,已成为处理来自亚硫酸氢盐测序的 DNA 甲基化数据的标准工具。BiQ Analyzer 已被 ABI 选择为Applied Biosystems Software Community Program的一部分。

详细说明(此部分基于首次描述 BiQ Analyzer的生物信息学期刊论文):

手动处理来自亚硫酸氢盐测序的 DNA 甲基化数据是一项繁琐且容易出错的任务。BiQ Analyzer 显着简化了这项任务,并提供了从头到尾的交互式软件支持。该工具以易于使用的方式帮助用户从测序仪导入序列文件、对齐它们、排除或纠正有问题的序列、记录实验、执行基本统计并生成出版质量图。重点放在质量控制上:程序自动评估数据质量,并为处理有问题的序列提供警告和建议。BiQ Analyzer 程序以 Java 编程语言实现,可在最新的 Java 虚拟机可用的任何平台上运行。

BiQ Analyzer 是第一个为亚硫酸氢盐测序的 DNA 甲基化数据分析提供全面支持的工具。它提供了比唯一可比软件显着改进,即一组称为 MethTools 的 Perl 脚本:首先,BiQ Analyzer 直接从测序仪导入序列文件,无需任何手动干预,并协助用户完成比对和质量控制的所有步骤。其次,BiQ Analyzer 不仅可以计算汇总统计数据,还可以导出完整详细的甲基化数据,并以一种易于将其导入任何统计数据包或电子表格程序的格式导出。第三,BiQ Analyzer 支持标准化实验文档。最后,

BiQ Analyzer 旨在模拟 DNA 甲基化分析的手动过程。在几个步骤中,用户被引导从序列导入,跨越质量控制和多序列比对的几个阶段,到记录实验的问卷。在每个质量控制步骤中,程序都会就如何处理关键序列提出建议,但支持或反对包含序列的最终决定始终由用户做出。基于该过程中的用户决策,该程序最终生成一个单文件 HTML 文档(包括广泛使用的“棒棒糖”风格的出版质量甲基化图)并将派生的甲基化数据保存到系统剪贴板,以备后续使用在电子表格中或使用统计软件进行分析。

总之,BiQ Analyzer 为来自亚硫酸氢盐测序的 DNA 甲基化数据的可视化和质量控制提供了从头到尾的支持。对于经常使用亚硫酸氢盐测序的用户来说,这将显着加快数据分析过程。偶尔的用户将受益于有助于执行严格质量控制的大量提示。除此之外,BiQ Analyzer 还有助于标准化质量控制和文档编制。

技术:

作为一项免费赠品,所有订购 BiQ Analyzer 一个或多个许可证的实验室都可以免费使用基于网络的 DNA 甲基化图生成器,网址为http://biq-analyzer.bioinf.mpi-inf.mpg.de/。这是一项网络服务,适用于在 BiQ Analyzer 之外分析(部分)DNA 甲基化数据并希望直接生成高质量“棒棒糖图”的用户。

联系人:高级专利和许可经理

博士 拉斯·库珀斯

研究生化学家

电话:089 / 29 9919-25

电子邮箱: patent@rcpprc.org

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